Nel sotterraneo della chiesa, in corrispondenza dell'altare maggiore, si trova la cripta, nella quale sono conservate, in un'urna di pietra le reliquie dei Martiri (Primitivo, Emiliano, Amato, Genziano, Taide e di un ignoto fanciullo). Per accedere alla cripta occorre sollevare una griglia in ferro in corrispondenza del IV pilastro laterale sinistro della navata centrale per chi entra in chiesa.